名侦探柯南剧场版绝海的侦探魔教燕北飞（刘松仁）助中原高手击败柳生一剑（徐少强）后，举家反遭杀戮，儿子燕孤鸿（刘松仁）被杀父仇人秦百川（秦沛）带走。鸿偷偷逃去，由辛晓月（梦景婷）一手养大，并训练为杀手。后鸿接获杀川的命令，后发现川乃红颜知已莫愁（蔡晓仪）之父亲。另一方面，他又获悉愁曾被川的亲信楚江南（甄志强）污辱，原来南正密谋叛变川，鸿被迫卷入川、南的斗争，后来南更怂恿剑重出江湖对付鸿，掀起一场龙争虎斗。