医妃难囚故事开始于民国初年，宁宝林（罗嘉良 饰）、李八一（黄俊鹏 饰）和苏明远（赵立新 饰）三个男人喜欢上了同一个女人，这个女人在留下了一个孩子宁五原（罗晋 饰）后撒手人寰。三个男人决定共同抚养这个孩子，分别成为了孩子的爸爸、父亲和爹。