奔跑吧!兄弟故事发生在16世纪，当时敌对的军阀为控制日本而战。大名织田信长意图控制日本，在与几个势力开战时，他的一个家臣荒木村重发动了叛乱，并迅速消失。　　信长召集了包括光秀和秀吉在内的其他家臣，命令他们抓住逃亡的村重，并警告说：“谁最努力，我就选谁做我的接班人。”　　带着各种各样的想法、计划和 陷阱，他们很快就被带到一个复杂情况的十字路口。　　条条大路通本能寺，命运在那里等待着他们。　　他们的“首”会往哪个方向转？