佩小姐本片讲述香港ICAC精英与黑社会、贩毒、走私集团等恶势力斗智斗勇的故事。他们各有专长，屡立奇功，侦破多宗案件。巾帼不让须眉的女总调查主任叶帼英（陈法蓉饰），精明能干经验丰富的高级调查主任廉志刚（张兆辉饰），大学刚毕业便加入廉署工作的方卓文（古天乐饰）以及率真爽朗的简鸣晖（袁洁莹饰）、孤儿出身的罗家杰（何宝生饰）和单纯善良的刘芷珊（张玉珊饰）等廉政精英。他们公事上各擅其职，维护社会公义，感情上也碰触出了很多火花。