透明少年讲述了主角一觉醒来，世界大变。熟悉的高中传授的是魔法，告诉大家要成为一名出色的魔法师。崇尚科学的世界变成了崇尚魔法，偏偏有着一样以学渣看待自己的老师，一样目光异样的同学，一样社会底层挣扎的爸爸，一样纯美却不能走路的非血缘妹妹……